第一次芭蕉庵は、江戸幕府出入りの魚問屋主人である杉山杉風（すぎやまさんぷう）の生簀（いけす）の番小屋を改装したものと伝えられている。
杉風は芭蕉に師事した俳人で、江戸における芭蕉の最大のパトロンであったという。
天和元年（1681年）の春に、門人の季下から芭蕉一株を贈られ、それを草庵の庭に植える。
これが芭蕉庵の名の由来となった。
庵号が芭蕉庵になる前は、「泊船堂」としていたという。
それまで桃青と名乗っていた松尾芭蕉の俳号も、庭に植えられた芭蕉が由来である。
天和二年（1682年）十二月二十八日、江戸駒込大円寺を火元とする大火のため第一次芭蕉庵は類焼する。

その後の芭蕉の居所は未詳。
天和三年（1683年）の夏には、甲州谷村藩の家老高山繁文方に逗留とのこと。
高山繁文の俳号は、高山麋塒（びじ）。
松尾芭蕉の門人である。

＜第二次＞芭蕉庵

天和三年（1683年：四十歳）の冬から元禄二年（1689年：四十六歳）の初春まで￥

天和三年九月、芭蕉庵再建のため門人知友五十二名が寄付。
芭蕉の友人である山口素堂が「芭蕉庵再建勧進簿」を作る。
新芭蕉庵の住所は、深川元番所、森田惣左衛門屋敷とされている。
第二次芭蕉庵滞在中に芭蕉は、「野晒紀行」、「鹿島紀行」、「笈の小文」、「更科紀行」と旅を続ける。

1. 「野晒紀行」貞享元年（1684年：四十一歳）秋～貞享二年（1685年：四十二歳）四月末。
2. 「鹿島紀行」貞享四年（1687年：四十四歳）八月。
3. 「笈の小文」貞享四年十月～元禄元年（貞享五年/1688年：四十五歳）四月。　
4. 京都・岐阜・大津・名古屋などに逗留　元禄元年四月～元禄元年八月
5. 「更科紀行」元禄元年八月

元禄元年八月に江戸に帰着した芭蕉はその七ヶ月後の元禄二年三月に「おくのほそ道」の旅に出発。
出発前の二月に、第二次芭蕉庵を平右衛門なる者に譲渡している。

＜第三次＞芭蕉庵

元禄五年（1692年：四十九歳）五月中旬から元禄七年（1694年：五十一歳）五月まで

元禄二年九月に「おくのほそ道」の旅を終えた芭蕉は、それから二十五ヶ月のあいだ上方を漂泊している。
元禄四年十月に江戸へ帰り着いた芭蕉は、日本橋橘町の彦右衛門方の借宅に仮住居する。
旧芭蕉庵の再入手は譲渡金額の問題で実現できず、仮寓での暮らしを余儀なくされたのだった。

第三次芭蕉庵は、杉風と枳風（きふう）が出資し、曾良と岱水（たいすい）の設計によって工事が進められ、元禄五年五月中旬に竣工。
場所は旧芭蕉庵の近くで、三部屋の間取りであったという。

この第三次芭蕉庵において「芭蕉を移す詞」や「芭蕉庵三ヶ月日記」が編まれた。
草庵は遠来の客で賑わい、句会も活況を呈していたという。
だが、結核で重態に陥っていた甥の桃印を、元禄六年の正月頃から芭蕉庵に引き取り、看病に明け暮れる日が続く。
金銭的にも精神的にも深刻な苦労が続く中、とうとう桃印が病死してしまう。
芭蕉自身も著しく体調を崩したが、仲秋の名月の頃にはやや回復。

芭蕉は老衰の自覚症状を懸念しつつ、元禄七年五月に故郷を目指して最期の旅に出る。
元禄七年十月十二日、芭蕉は大坂（大阪）で臨終を遂げ、第三次芭蕉庵は帰る主のいない草庵となった。

※参考文献　「芭蕉年譜大成」今榮藏著　角川書店


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